Acaban las guerras, los saqueos y se pacifica el territorio. Llega el momento de restablecer la Hermandad.
El 24 de febrero de 1833 se reúnen en la sacristía de la iglesia parroquial de San Mateo, bajo la presidencia del Párroco, D. Pedro Chaves Flores, los hermanos de la Cofradía de los que se tenía noticia, pues «pr consecuencia de la guerra de la Independencia se habían quemado las puertas y demas maderas de la Hermita donde se servia dha. Cofradia, destruido los hornamentos é imagenes, arruinado su Fabrica y extraviado muchos papeles, por cuya razon se habrian suspendido desde entonces las Fiestas de su institucion; pero que correspondiendo á su socampana, y siendo dependiente de su Parroquia las mencionadas Hermita y Cofradia, no podía consentir [el Párroco], que mientras existiesen hermanos que la sirviesen, se considerase estinguida» (Archivo Histórico Diocesano de Coria-Cáceres, Fondo Parroquial, San Mateo, Libro 88, fols. 1r-1v).
En el mismo libro se hace una pequeña lista con los «Hermanos q.e existían y eran conocidos al tpo. de la reforma de las Constituciones en el año de mil ochocientos treinta y tres» (Archivo Histórico Diocesano de Coria-Cáceres, Fondo Parroquial, San Mateo, Libro 88, fol. 13r), entre los que estaban D. Antonio Merino (que llegó a ser Mayordomo en 1803) y D. Juan Espada (Alcalde de la Cofradía de 1796 a 1798). Como se ve, la iniciativa de la refundación emanó del Párroco, y por eso «le tributaron los Cofrades las devidas gracias por el celo que les inspiraba» (Archivo Histórico Diocesano de Coria-Cáceres, Fondo Parroquial, San Mateo, Libro 88, fol. 2r).
El 20 de marzo de 1833 la Cofradía aprobó unas Reglas (en algún caso, también denominadas Constituciones y, más tarde, Estatutos), que fueron confirmadas por el Obispo de Coria, D. Ramón Montero, tres días después. El 7 de junio de 1838 se aprobó una reforma de las mismas, aunque realmente venían a complementarlas, de tal modo que se llamaba generales a las de 1833 y particulares a las de 1838. En ellas, se detalla la composición del Cabildo de Oficiales y su forma de elección, los principales fines y cultos de la Cofradía, las cuotas de admisión y algunos preceptos de menor importancia. Había renacido la ahora denominada Cofradía Sacramental del Espíritu Santo.
El 25 de junio de 1783, Carlos III promulgó la Resolución de S. M. á consulta del Consejo sobre reforma, extinción y respectivo arreglo de las Cofradías erigidas en las Provincias y Diócesis del Reyno, en la que se establecía que todas las corporaciones existentes debían solicitar del Gobierno la autorización real para continuar con su actividad, no siendo ya válida únicamente la aprobación diocesana, añadiendo «que las Sacramentales subsistan tambien por el sagrado objeto de su instituto, y necesidad de auxiliar á las Parroquias; con tal que si no se halláren aprobadas por las jurisdiciones Real y Eclesiástica se aprueben, arreglandose antes las ordenanzas convenientes con aprobacion del Consejo».
Así las cosas, «S. M. la Reyna se sirvió autorizar la continuacion de la Cofradia denominada la Sacramental existente en esta Capital con tal que el Prelado Diocesano no se opusiera» (Archivo Histórico Diocesano de Coria-Cáceres, Fondo Parroquial, San Mateo, Libro 88, fol. 11r), no hallándose en las Reglas «óbice que oponer á los mandatos de S. M.», por lo que fueron aprobadas por Isabel II mediante Real Orden de 25 de julio de 1846.
Desde ese momento el nombre de la Hermandad pasó a ser el de Real Cofradía Sacramental del Espíritu Santo. Ese título dejó de utilizarlo la corporación en 1959 y, tras ser autorizado su legítimo uso en 2009, incorporado nuevamente a su denominación.
Ciertamente, las cofradías sacramentales gozaban de un estatus especial ya desde la Instrucción para la Junta General de Caridad, aprobada por Carlos III el 9 de mayo de 1778 para la abolición de las cofradías superfluas, pues en su número 21 se indica que «no se han de comprehender en esta generalidad las Sacramentales, por haberlas preservado el Consejo al tiempo de eregir la Junta». Cabe plantearse si el nuevo carácter sacramental de la Cofradía tras la reorganización favoreció su continuación y si fue una decisión estratégica de los refundadores. En cualquier caso, no puede negarse el ahínco con el que celebraba cultos en honor al Santísimo Sacramento, como se explica más adelante.
La Cofradía es gestionada ahora por un Cabildo de Oficiales, que en algún caso es llamado Junta Directiva, formado por un Presidente, que lo era el Párroco de San Mateo; un Mayordomo, elegido anualmente en la Pascua de Pentecostés, con posibilidad de reelección, y dos Diputados, reservándose un puesto de Secretario para su intervención en los actos de gobierno y otro de Portero para el auxilio de los oficiales y de los hermanos en la organización de los actos. La elección se producía tras la misa por los hermanos vivos y difuntos que se explica infra e intervenían en ella el propio Cabildo y los tres hermanos con más antigüedad que hubieran sido oficiales. Se elegía Mayordomo de entre una terna propuesta por el saliente, que quedaba como Diputado Segundo, pasando este a Diputado Primero.
Por otro lado, según la advertencia del Obispo de Coria, D. Ramón Montero, en su auto de aprobación de 1833, la Cofradía tenía «muchísimas Gracias Espirituales concedidas á los Cofrades del Stmo. Sacramento» (Archivo Histórico Diocesano de Coria-Cáceres, Fondo Parroquial, San Mateo, Libro 88, fol. 7v) en virtud de la Bula Pontificia Dominus Noster Iesus Christus, promulgada por el Papa Paulo III el 30 de noviembre de 1539. Así, es manifiesta la voluntad de los cofrades de realizar una serie de actividades siguiendo la línea de la Pontificia Archicofradía Sacramental de Santa María sopra Minerva de Roma.
El titular de la Cofradía continuaba siendo el Espíritu Santo, por lo que la fiesta principal de su instituto se concentraba en la Pascua de Pentecostés, en cuyo primer día celebraba una misa cantada con sus vísperas. El según día, sermón y, el tercero (que podría tener lugar cualquier día de esa semana a elección del Párroco de San Mateo), misa cantada con oficio de tres lecciones y responso por los hermanos vivos y muertos, celebración tras la que se elegía al Mayordomo. El 26 de junio de 1889 el Obispado dio licencia a la Cofradía para que adquiriera un terno encarnado (color propio del Espíritu Santo) con el fin de que la institución solemnizara el culto, cuyo valor, con paños de hombro y púlpito, fue abonado a plazos debido a los escasos recursos de la Hermandad. No se permitía el consumo de refrescos o comidas en torno a la celebración de la Pascua de Pentecostés, como sí había ocurrido en siglos pasados, disposición que iba en la línea de lo sagrado del culto que se tributaba y de las disposiciones gubernamentales, que señalaron y abolieron hermandades superfluas por estos motivos en unos momentos de anticlericalismo ilustrado y de desamortización de bienes.
Como corporación sacramental, fomentó el culto al Santísimo Sacramento de distintas maneras, todo en consonancia con los cultos de la entidad romana ya citada, a la que quedó adscrita la Cofradía. Por un lado, alumbraba con seis hachas de cera al Corpus Christi en la octava que se celebraba en la Parroquia de San Mateo, y también el Jueves y el Viernes Santo. Con el mismo número de cirios iluminaba al Santísimo en todas sus exposiciones públicas y en las funciones de las Cuarenta Horas. A la procesión del Sacramento acudía con veinticuatro hachas de cera. Asistía con su estandarte (que sabemos que era de color negro) acompañado de faroles y con otro farol con asta y manga a cualquier otra procesión del Jesús Eucarístico. El estandarte también estaba presente en el rezo de las letanías de San Marcos.
Además, celebraba las procesiones mensuales de Minerva (que reciben este nombre por la basílica menor sede de la Archicofradía romana), encargándose del palio con varas bajo el que iba el Santísimo y asistiendo con su guion, faroles y varias hachas de cera para alumbrarlo.
Si en la etapa devocional la Cofradía prestaba atención al enterramiento de sus cofrades fallecidos y de los pobres que lo hacían en el Hospital de Santa María de los Caballeros, ahora, aunque siguió acompañando a sus hermanos fallecidos con su estandarte, se dedicaba especialmente a los enfermos, siguiendo, nuevamente, la tradición de la Archicofradía de Santa María sopra Minerva de Roma. La actividad consistía en la administración del Sagrado Viático (es decir, la comunión eucarística) a los enfermos en sus domicilios, a los que se podía acudir en procesión. Si los enfermos eran feligreses de la Parroquia, seis hachas de cera alumbraban el Santísimo; si eran hermanos propios de la Cofradía (aunque procedieran de otras parroquias, pues estaba permitido explícitamente), lucían veinticuatro. Se dispuso la compra y empleo de seis faroles cerrados para alumbrar a Jesús Sacramentado en el caso de que las procesiones del Viático se celebraran por la noche y en un entorno lluvioso. Las de Minerva y las del Viático fueron las primeras procesiones que organizó la Cofradía, y todo en un contexto puramente sacramental.
La Parroquia de San Mateo dispuso el hueco que se hallaba entre las Capillas de Santiago y del Santo Ángel de la Guarda para albergar las insignias de la Hermandad. Por otro lado, el 20 de abril de 1893, uno de los sacerdotes de la Parroquia, D. Lorenzo Díaz Hernández, que ejerció interinamente funciones de Mayordomo como encargado de la Cofradía entre 1892 y 1893 por fallecimiento del titular, propuso la elevación de un altar de ánimas en el templo para la celebración con los cofrades, lo que se llevó a efecto.
Más allá de los cultos, la principal actividad que desarrolló la Cofradía durante este período fue la restauración de la ermita del Espíritu Santo, que había quedado completamente desvencijada por los conflictos bélicos. Para paliar los costosísimos gastos de la rehabilitación del templo y la escasez de recursos de la institución se recurrió a dos fuentes de ingresos, amén de las limosnas, de las cuotas de admisión y del pago por los entierros o por la presencia del estandarte en funerales y procesiones.
En primer lugar, los bienes con los que contaba la Hermandad en etapas pasadas, como las escrituras de censo (la última de la que se benefició la firmó ante el escribano D. Benito Sanz del Pozo el 4 de julio de 1753) le fueron sustraídos por los procesos desamortizadores que se instalaron en España desde finales del siglo XVIII y durante, prácticamente, todo el siglo XIX. La desamortización consistía en la expropiación forzosa por parte del Estado de los bienes que poseían la Iglesia y otros colectivos. A partir de ahí se subastaban y el dinero obtenido lo destinaba el Estado a pagar su deuda pública. El 19 de septiembre de 1798, Carlos IV promulgó la Real Cédula de S. M. y Señores del Consejo, en que se manda cumplir el Decreto inserto, por el qual se dispone que se enagenen todos los bienes raices pertenecientes á Hospitales, Hospicios, Casas de Misericordia, de Reclusion y de Expósitos, Cofradías, Memorias, Obras pias, y Patronatos de legos, poniéndose los productos de estas ventas, así como los capitales de censos que se redimiesen pertenecientes á estos establecimientos y fundaciones en la Caxa de Amortizacion baxo el interes anual del tres por ciento, en la conformidad que se expresa. Los censos que poseía la Cofradía del Espíritu Santo se depositarían en la Real Caja de Amortización e irían generando el capital a que se refiere, por ejemplo, el acuerdo de refundación. En 1848, Isabel II ordenó que quedaban «esceptuados de la aplicación al Estado con arreglo á lo dispuesto en el articulo 6.o de la Ley de dos de Setiembre de mil ochocientos cuarenta y uno los vienes pertenecientes á la Cofradia Sacramental, titulada del Espiritu Santo, establecida en la Parroquia de Sn Mateo en la Ciudad de Caceres, segun lo acordó la Junta Inspectora de aquella Provincia á instancia de D.n Jose de Mendieta» (Archivo Histórico Diocesano de Coria-Cáceres, Fondo Parroquial, San Mateo, Libro 88, fol. 11v), por lo que la Cofradía podía recibir rentas por unos bienes enajenados. Les fueron desamortizados en 1855, aunque percibió rentas anuales por seis bienes hasta la década de los ochenta, cuando dejó de obtener ingresos por este sistema.
Por otro lado, D. Andrés de Andrada (Alcalde de la Cofradía de 1648 a 1649 y Mayordomo desde ese año hasta 1674) fundó el 15 de agosto de 1726 un vínculo del tercio y quinto de sus bienes que heredaron sus familiares, aunque la última poseedora, Dña. Josefa Mostazo, murió en estado civil de soltería y sin descendencia el 6 de junio de 1836. Según lo previsto en la escritura, la Cofradía del Espíritu Santo sería la heredera siempre que existiera y que no hubiera unido sus rentas a ninguna otra corporación, en cuyo caso lo sería la Cofradía de Jesús Nazareno.
Se adjudicó el vínculo a la corporación el 17 de julio, aunque la de Jesús Nazareno recurrió indicando que la Cofradía Sacramental, que había sido refundada en 1833, no existía. El 2 de septiembre se adjudicó a la institución con sede en la Parroquia de Santiago el Mayor, disposición que fue anulada el 13 de octubre por recurso de la Cofradía del Espíritu Santo, legítima poseedora.
Readjudicado el vínculo a la Sacramental, continuó el pleito hasta 1838, cuando «Tomas Bartolozi en nombre de D. Eleuterio Alvarez mayordomo de la Cofradia del Espiritu Santo, que se venera en la Iglesia Parroquial de San Mateo de ésta villa, en los autos con Francisco Fernández, mayordomo que se dice de la Cofradía de Jesus Nazareno, sobre mejor derecho al vinculo fundado por D. Andres Andrada y su hijo, digo: que decidido ya el juicio sumario de posesion, y declarada ésta á favor de la Cofradia que represento, se ha intentado la demanda de propiedad de que se me ha conferido traslado, sin qe haya precedido el medio de la conciliación tan recomendado por las Leyes, y sin el cual no parece tener el carácter de válido y subsistente nada de cuanto se practique en éste nuevo juicio ordinario. Por tanto, y no siendo éste negocio uno de los espresamente exceptuados, ni en el reglamento, ni en los decretos posteriores = Supco á V. se sirva mandar se suspenda el curso del negocio hasta que las partes hagan constar haber intentado el medio de conciliación» (Archivo Histórico Diocesano de Coria-Cáceres, Fondo Parroquial, Santiago, Libro 73, fols. 51r-51v), a lo que la Cofradía de Jesús Nazareno manifestó «Que estamos conformes con lo propuesto por el representante de la supuesta cofradia del Espiritu Santo. A cuyo fin = Supco á V. S. se sirva acceder á su solicitud» (Archivo Histórico Diocesano de Coria-Cáceres, Fondo Parroquial, Santiago, Libro 73, fol. 52r). Ese libro concluye con un poder de 1841 para obrar en nombre de la Cofradía de Jesús Nazareno, pero no hay referencia al pleito con la Cofradía del Espíritu Santo, por lo que previa readjudicación del vínculo a la Sacramental y aceptación por la de Jesús Nazareno, como se ha transcrito, y puesto que no hay más documentación, se da por finalizado el pleito.
En cuanto a las imágenes de la Cofradía, debe destacarse el Santísimo Cristo del Espíritu Santo, que se trasladó a la iglesia parroquial de San Mateo desde un domicilio particular y sobre el que pueden leerse más datos en el texto ofrecido para la etapa devocional de la Hermandad. Por su parte, a la ermita del Espíritu Santo fueron a parar algunas imágenes a las que la institución no rindió culto especialmente, sino que formaron parte de ese proceso de rehabilitación de su santuario. Nos referimos a Santa Ana, a Santa Rosa de Lima (imagen de vestir que se colocó en un altar del lado de la epístola) y a un cuadro con el misterio de Pentecostés (pintado por D. Andrés Valiente y situado en el presbiterio de la iglesia). A este mismo pintor se deben otros dos cuadros de 1893: San Pedro y San Francisco, que también se situaron en la iglesia. Al finalizar el siglo XIX y comenzar el XX la Cofradía disponía de muy pocos fondos para continuar con uno de sus cometidos principales: la restauración de la ermita del Espíritu Santo. Las décadas de reclamaciones para la devolución de las deudas que el Estado había contraído con la Hermandad por la incautación de sus bienes como consecuencia de los procesos desamortizadores aletargaron la actividad de la institución, sobre todo por las negativas que recibía por parte de la Administración, lo que dificultaba el arreglo del templo.
Disminuyendo notablemente su actividad y siendo regida por los propios sacerdotes de la Parroquia de San Mateo, la Cofradía fue perdiendo vitalidad y cesó en sus actividades. La ermita, por su parte, volvió a sufrir el abandono. Uno de los últimos documentos que recibe la Hermandad fue, precisamente, una respuesta a esas constantes reclamaciones de sus bienes con fecha de 25 de junio de 1927.